После окончания техникума в Калининграде была направлена в Горьковскую область. В апреле 1942 года была призвана по мобилизации в Красную Армию. 1 мая 1942 года приняла военную присягу. Военную службу с мая 1942 года по март 1944 года проходила на должности командира отделения орудийного расчета в 742 зенитно-артиллерийскому полку. В марте 1944 года Екатерину Васильевну перевели на должность радиста в этом же полку. В июле 1944 г. переведена в 208 фронтовой запасной полк постоянного состава на должность писарь-коптенармус. В феврале 1945 г. была направлена на курсы начсостава Западного фронта, после окончания курсов ей было присвоено звание младшего лейтенанта интендантской службы. 12 мая 1945 года Клименкова Екатерина Васильевна уволена в запас приказом № 0520 3-го Белорусского фронта.